is_user_logged_in()が効かない場合

テーマを直で読んでいて特殊なつくりではないのにis_user_logged_in()が効かない場合、もしかしたらBasic認証（Digest認証）のキャッシュが残っているかも。

キャッシュをクリアしてもう一度確認してみてください。